Ninja 400 har en 399 cc motor med en perfekt balanse mellom ytelse og kontrollerbarhet. Motoren gir økt ytelse i hele registeret sammenlignet med forgjengeren. Jevn og forutsigbar respons bidrar til en lettstyrt motorkarakter. Takket være sin effektive design har den kompakte, lette motoren en størrelse på nivå med 250cc-motorer.