Ninja e-1 og Z e-1 har to uttagbare lithium-ion-batterier. Flere ladealternativer gir fleksibilitet med minimal ulempe i din daglige rutine. Hver av de to lithium-ion-batteriene veier 11,5 kg. Ekstern lading* kan utføres ved å koble motorsykkelen til en dedikert lader som er tilkoblet et vanlig stikkontakt. Alternativt kan batteriene tas ut og lades separat. Ladetiden per batteri er omtrent 3,7 timer for full lading og 1,6 timer for delvis lading (20% >> 85%).
*Ekstern lading refererer til ladesystemer som ikke er innebygd i kjøretøyet selv. Siden batteriladeren (som tar AC-strøm og konverterer den til DC-strøm som trengs for å lade batteriene) befinner seg utenfor motorsykkelen, er dette et eksempel på ekstern lading.